À Nantes, un labo traque le Covid sur les côtes françaises-Pêche et aquaculture


« Ça n’est pas parce qu’on n’a rien trouvé qu’il ne faut pas se poser de questions ! » Au laboratoire Santé Environnement et Microbiologie de l’Ifremer à Nantes, Soizick Le Guyader et son équipe traquent une éventuelle présence du nouveau coronavirus sur les côtes françaises.

« Pendant le confinement, on connaissait les gros foyers d’épidémie. Et le littoral était peu touché. Mais avec le déconfinement et les vacances, les gens vont bouger, et donc il faut surveiller », résume la chercheuse.

Une première série de tests, dont les résultats ont été annoncés mi-mai, n’avait détecté aucune trace du SARS-CoV-2 dans des échantillons d’eau de mer et de mollusques. Depuis, plus d’une centaine de prélèvements au total ont été analysés, sans mettre en évidence non plus une présence du virus responsable du Covid-19.

Un peu partout dans le monde, des traces du virus ont été trouvées dans les eaux usées, dont la surveillance peut selon les scientifiques prévenir de l’évolution de l’épidémie.

Or, « quand il y a une pollution à terre, elle arrivera à la mer », résume Philippe Riou, directeur du département Océanographie et dynamique des écosystèmes de l’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer.

Et les équipes de l’Ifremer disposent d’une solide expérience dans la recherche de virus en milieu marin. Ils traquent par exemple depuis de années les norovirus, responsables de gastroentérites, qui peuvent notamment se nicher dans les huîtres.

« Les coquillages sont des éponges, ils filtrent de grandes quantités d’eau » pour se nourrir en y puisant des nutriments, explique Jean-Côme Piquet, chef de la surveillance microbiologique et du réseau de contrôle des zones de production conchylicoles (huîtres et moules notamment) au labo nantais.

Or, les restes de déchets humains, même après traitement en station d’épuration, « sont de la bonne nourriture pour coquillages », note Soizick Le Guyader. Résultat, les mollusques se comportent aussi en « intégrateurs de contamination ».

Et si le coronavirus devait s’étendre sur le littoral à la faveur par exemple de l’arrivée de vacanciers, leur étude pourrait permettre « d’être capable d’anticiper un minimum ».

Points connus

Les chercheurs ont donc mis en place un réseau de 20 points de surveillance, où des échantillons seront prélevés pour analyse toutes les deux semaines. « Ça peut sembler peu, mais nous avons l’habitude de surveiller le littoral et on a sélectionné les points connus pour être les plus touchés par les matières fécales humaines », détaille Jean-Côme Piquet.

Les équipes pourront aussi répondre en urgence sur d’autres points en cas d’alerte, par exemple une défaillance d’un système d’eaux usées.

Les coquillages prélevés sont disséqués et le virus sera par exemple recherché dans l’appareil digestif des huîtres, où les chercheurs ont l’habitude de traquer les norovirus.

« On fait des cultures, puis un séquençage », qui permet de dupliquer en grand nombre des séries d’ADN, explique Marion Desdouits, une des chercheuses. « On va cibler les séquences connues (du virus), soit celles qui y ressemblent et pourraient nous alerter » sur sa présence. Jusqu’à présent, rien à signaler donc, mais tout le labo est en alerte.

Avec les inconnues inhérentes aux maladies émergentes : quelle est la dose infectieuse exacte ? Combien de temps le virus resterait il actif dans ce milieu ? « L’émergence virale pose un vrai défi dans un environnement soumis à de fortes pressions de tous côtés, » avertit Soizick Le Guyader. « Il y a le changement climatique (qui réchauffe progressivement les mers, ndlr) et la population humaine aussi, qui augmente sur le littoral ». La chercheuse ne s’attend pas à un répit : « Ça va se densifier de plus en plus, avec toutes les activités autour et leurs conséquences ».



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